新建本科院校办学历史较短，内部质量保障体系建设相对薄弱。因此，引导新建本科院校建设并完善内部质量保障体系，保障并不断提高教育质量是开展合格评估的重要目的。合格评估指导体系设计充分体现了这一指导思想，主要表现在以下几方面:
一是在“办学思路与领导作用”指标中，明确提出“有以提高质量为核心、落实教学中心地位的政策与措施，重视建立并完善内部教学质量保障体系”。
二是在教师队伍的数量与结构、教学基本设施、教学经费投入等评估指标中都规定了具体的可量化的要求，使学校人才培养工作有可靠的条件保障。
三是对课堂教学、实验教学、实习实训、社会实践、毕业论文(设计)与综合训练等主要教学环节以及学生课外科技及文化活动、学生指导与服务等，都提出了明确的质量要求和监管措施。
四是专门设置了“质量监控”这一评估指标，要求“学校建立自我评估制度，并注意发挥高校教学基本状态数据库的作用，对教学质量进行常态监控”。此外，还设立了“师生评价”和“社会评价”的内容，引导学校注重收集师生和社会用人单位对学校的评价信息，及时改进工作。