合格评估方案以应用型人才培养目标为主线，从学校的办学定位、指导思想等顶层设计，到师资队伍建设、教学基本建设、专业建设、人才培养方案、课程体系、教学方法、实践教学体系设计，最后落脚点到考察学生就业，一以贯之地引导新建本科院校提高培养过程与应用型人才培养目标的符合度。例如:
在人才培养模式方面，考察学校是否积极开展产学研合作教育，在合作开办专业、共建教学资源、合作育人、合作就业等方面是否成效明显。
在考察教师队伍时，不仅要看生师比，高学历、高职称教师的比例，还要看教师中具备专业(行业)从业资格和任职经历的教师的比例，更要看教师整体结构和水平能否满足应用型人才培养需要。
在专业与课程建设方面，评估指标要求学校的专业设置应该与地方(行业)经济社会发展相适应，要求构建体现应用型人才培养特点的课程体系，其中尤其强调了对实践教学的具体要求，以增强学生实践能力的培养。